这个夏季，在江南的金陵朝廷也遭到了毁灭性的打击，由于卧底高弘图、姜曰广在通事局的配合下，制造了金陵三大疑案：大悲案、假太子案、童妃案。
所谓的大悲案，就是找了个和尚，法号叫大悲的，这人俗家姓朱，徽州人，跟潞王朱常淓相识，还被潞王认作本家。他被通事局的人找到，送入金陵，在金陵水西门外，大悲和尚自称是明朝的亲王，曾被崇祯封为齐王。他还声称潞王恩施百姓，人人服之，该与他作正位，言下之意，现在这个朱由菘不合格。
朱由菘原本对潞王有所猜忌，怀疑这个大悲和尚是来为潞王刺探情报，便派人把他抓了起来，又传谕戍政赵之龙、锦衣掌堂冯可宗与蔡忠三堂会审，严加逼供。
这个大悲和尚经不住拷打，向朱由菘供出一大串人的名单，这份名单也是事先通事局交给他的，共有一百四十三人，牵涉有史可法、高弘图、姜曰广、张慎言等，目的就是搅浑水。
朱由菘生怕事态扩大，他不愿牵涉过广，于是将大悲和尚绑赴西市问斩，此事便不了了之。
假太子案，最先是由鸿胪寺少卿高梦萁向朱由菘秘奏而引起的，高梦萁在奏本中称：太子朱慈烺在浙江。
朱由崧得知此事之后，坐立不安，令太监李继周往浙江一探究竟，并派遣内官持御札宣召，将一个少年带回安置在太平门内的兴善寺。
少年被接到金陵之后，朱由崧又派二名太监前去辨识，二名太监见到这位少年，就抱头恸哭，并解下衣衫为其御寒，随即禀报朱由菘，所见之人确实是太子朱慈烺，并且把相见的情景也向朱由菘禀报了。
朱由崧听闻大怒：真假未辩，何得便尔。
二名太监指天发誓，所见之人的确是真太子，朱由检不由分说，将二名太监灭口，又迁怒于李继周，把他也一同抹了脖子。
随后，朱由菘又假惺惺地面谕群臣道：有一稚子言是先帝东宫，若是真先帝之子即朕之子，当抚养优恤，不令失所。
接着就下令侯、伯、九卿、翰林、科、道等官同往审视真伪。
有了前车之鉴，前去辨认的官员众口一词，说这个太子是假冒的。
此时金陵的文武百官听闻此事，纷纷赶赴兴善寺，踊跃趋谒，朱由崧只得将假太子交付锦衣卫冯可宗处看管。
这件事直接牵涉到朱由菘皇位的合法性，对朱由崧继统不满的人乘机兴风作浪，散布流言蜚语，朝堂上掀起了一片喧哗。
朱由菘越说太子是假的，越疑其真的大臣就越多，这件事还引起了江防督抚袁继咸、广昌伯刘良佐等大臣上疏抗争的后果。
而童妃案更是把朱由菘的金陵小朝廷推向了深渊。